یکی از برنامه‌های مجتمع، در امر آموزش عمق بخشیدن به مفاهیم بنیادی علوم است. به این منظور، برنامه‌ریزان آموزشی به دروس و سرفصل‌های آموزش و پرورش بسنده نمی‌کنند. بلکه علاوه بر آن‌ها به تدوین درس‌نامه‌های تکمیلی پرداخته‌اند که توسط دبیران متخصص طراحی و اجرا می‌شود. در تدوین این درس‌نامه‌ها، آموزش تفکربرانگیز به‌گونه‌ای مدنظر گرفته ‌شده است تا علاوه بر نیاز دانش‌آموزان در المپیادها و کنکور بر توانایی عمومی آنان در حل مساله تاثیرگذار باشد.

 آزمون ها :

از آن‌جا که انجام آزمون میزان آمادگی وهماهنگی دانش‌آموز با مجموعه را محک می‌زند، در مجتمع علامه طباطبایی، واحدی به نام واحد آزمون‌ها، زیر نظر معاونت آموزشی دایر شده و برنامه‌ریزی آزمون‌ها و نحوه‌ی اجرای آن‌ها را اداره می‌کند. در این مجتمع آزمون‌ها در سه سطح زیر برگزار می‌شوند
الف- آزمون‌های منطقه‌ای
ب- آزمون‌های مستمر هفتگی
پ- آزمون‌های جامع

 لایه‌های آموزشی در مجتمع علامه طباطبایی

آموزش در کلاس‌های مجتمع علامه طباطبایی بر مبنای سه لایه‌ی آموزشی، طراحی شده است که به ترتیب عبارتند از: کتاب درسی، سطح آموزش داخلی مجتمع و سطح المپیاد. ترتیب این سه لایه با دقت خاصی رعایت می‌شود. البته آموزش المپیاد، عمومی نبوده و مختص دانش‌آموزانی است که هم علاقه‌مند باشند و هم بتوانند حدنصاب نمره‌ی لازم را در درس مورد انتخاب خود کسب نمایند. در بخش آموزش داخلی مجتمع برای تمام دروس اختصاصی درس‌نامه به صورت جزوه‌ی تکثیر شده که در اختیار تمام دانش‌آموزان قرار می‌گیرد. در این مجموعه تمرینات معمولاً هر سال تغییراتی جزیی برای بهبود و به روز شدن مسایل صورت می‌گیرد. چینش سوال‌ها در آن‌ها به ترتیبِ سرفصل‌هایی است که تدریس می‌شوند. و در هر سرفصل مسایل از ساده به مشکل آمده است. این دقت در نحوه‌‌ی چیدن تمرینات موجب هم‌دستی و هماهنگی تدریس در واحد‌های مختلف آموزشی مجتمع می‌شود. طراحی سوالات در آزمون‌های داخلی بر مبنای سطح آموزش مجتمع است.